سازمان مجاهدین خلق در کنفرانسی در سال ۲۰۰۲ اطلاعاتی پیرامون سایت نطنز ارائه کرده و مدعی افشای برنامه هسته‌ای ایران برای اولین بار شد. اما منابع آمریکایی و اسراییلی چندی بعد افشا کردند که این اطلاعات تماماً از منابع دیگر از جمله دستگاه اطلاعاتی اسراییل بدست آنان رسیده بوده‌است و همچنین پیش از این کنفرانس تصاویر ماهواره‌ای نطنز از سوی برخی سازمان‌های دیگر در آمریکا ارائه شده بود.همچنین در سال ۲۰۰۹ (میلادی)، این سازمان ادعاهای تازه‌ای پیرامون برنامهٔ اتمی ایران ارائه داد که صحت آن را هنوز ثابت نکردند.
اتهام ترور دانشمندان هسته‌ای ایران
برخی از رسانه‌های معتبر آمریکا از جمله ان‌بی‌سی،نیویورک تایمز و نشریه نیویورکر در گزارش‌هایی در سال ۲۰۱۲ میلادی، با استناد به دو مقام آمریکایی مدعی شدند که دولت اسرائیل با همکاری سازمان مجاهدین خلق در ترور دانشمندان هسته‌ای در ایران دست داشته‌است. در واکنش، مقام‌های وابسته به سازمان مجاهدین این موضوع را همواره تکذیب کرده‌اند و آن را «کاملاً دروغ» خوانده‌اند.
آخرین نظرات